Una renuncia esperada fue la de la directora del Metro, Florencia Serranía, quien dejó el cargo el 28 de junio de este año, luego del desplome de un tren en la Línea 12 ocurrido la noche del 3 de mayo, lo que provocó la muerte de 26 personas.
"Ella presentó su renuncia, tomó la decisión de que era importante dar paso a una nueva administración", afirmó Sheinbaum dos días después.
Serranía había permanecido en el cargo pese a dos incidentes graves previos: el choque de trenes en la estación Tacubaya de la Línea 1 y el incendio de la Subestación Buen Tono.
La dirección del Metro fue tomada por Guillermo Calderón Aguilera, quien encabezaba hasta ese momento el Sistema de Transportes Eléctricos (STE).
La Secretaría de Gobierno ha tenido dos relevos. Primero, Rosa Icela Rodríguez dejó el cargo el 25 de julio de 2020, tras ser designada por el presidente Andrés Manuel López Obrador como coordinadora general de Puertos y Marina Mercante, y luego, titular de la Secretaría de Seguridad y Protección Ciudadana (SSPC).
En su lugar entró Alfonso Suárez del Real, hasta entonces titular de la Secretaría de Cultura capitalina. Duró en el cargo poco menos de un año, hasta el pasado 7 de julio. Fue sustituido por Martí Batres, quien dejó el Senado para integrarse al gabinete de Sheinbaum.
También la Secretaría de Desarrollo Urbano y Vivienda (Seduvi) ha tenido dos cambios. Su primera cabeza fue Ileana Villalobos, quien dejó el cargo el 30 de diciembre de 2020 y entonces fue reemplazada por Carlos Ulloa, quien hasta ese momento era secretario particular de la jefa de gobierno.
A principios de 2021, en febrero, Sheinbaum cambió de coordinador general de Comunicación Social, pues Iván Escalante saltó a las filas del gobierno federal. Recientemente, su puesto fue ocupado por Sebastián Ramírez.